W przedmiotowym projekcie wprowadzono również istotne zmiany do ustawy Ordynacja podatkowa. Zgodnie z nowym przepisem art. 82 § 2e ustawy Ordynacja podatkowa: jednostki administracji rządowej i samorządowej są obowiązane do prowadzenia przy użyciu programów komputerowych wykazu:

1. faktur dotyczących nabycia towarów lub usług, które nie zostały ujęte przez te jednostki w ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz
2. informacji o fakturach otrzymanych od innych podmiotów w związku z realizacją zadań nałożonych na jednostki administracji rządowej i samorządowej odrębnymi przepisami.

Powyższa norma skutkować będzie koniecznością przekazywania przez jednostki samorządu terytorialnego oraz jednostki administracji rządowej informacji o fakturach, które nie zostały ujęte przez ww. podmioty w przesyłanych plikach JPK_VDEK. Obowiązek ten będzie dotyczył zarówno faktur, które służą działalności gospodarczej, ale z różnych przyczyn nie zostały one ujęte w ewidencji dla celów VAT (faktury dokumentujące czynności zwolnione od podatku oraz opodatkowane stawką 0%, faktury dokumentujące zakup towarów i usług opodatkowanych mechanizmem VAT marża, faktury dokumentujące czynności opodatkowane, od których nie odliczono podatku naliczonego, faktury dokumentujące WNT, gdy nabywca nie jest podatnikiem zobowiązanym do rozliczenia podatku), jak i faktur, w których zawarta została kwota podatku, jednak służyć one będą czynnościom niepodlegającym podatkowi VAT (nie związanymi z działalnością gospodarczą).

Oznaczać to będzie konieczność składania JPK przez jednostki administracji rządowej, które w ogóle nie wykonywały działalności gospodarczej, jednak dokonywały zakupów związanych z zadaniami publicznymi. Dotyczyć to będzie również jednostek samorządu terytorialnego. Jak przykład można tu wymienić faktury dotyczące wybudowania drogi gminnej, czy oświetlenia ulicznego, zakupów dokonywanych przez Powiatowy Urząd Pracy, czy nawet zakupów dokonywanych przez urząd skarbowy jako jednostkę administracji rządowej.

Interesujące, że przepis w takim kształcie obejmie również faktury, które wystawiają podatnicy zwolnieni. Ponieważ przepisy ustawy o VAT nie nakazują, aby faktura musiała mieć oznaczenie faktura VAT, to nawet faktury wystawiane jako rachunki (np. za przejazd taksówką) będą podlegały raportowaniu do Ministerstwa Finansów. Istotnym problemem mogą się stać dokumenty opłat za prowadzenie rachunków bankowych. Dokumenty te nie zawierają kwoty VAT, jednak zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów w sprawie wystawiania faktur zawierają wszystkie niezbędne dane, aby były uważane za faktury. Czy wówczas będą podlegały raportowaniu przez ww. jednostki? Powinny takiemu raportowaniu podlegać, pytanie jednak w jakim celu.

Wojciech Zajączkowski