1. Status samorządowego zakładu budżetowego jako niezależnego podatnika VAT

Przy wydawaniu przedmiotowego Rozporządzenia należy zwrócić uwagę na kwestię statusu poszczególnych jednostek organizacyjnych utworzonych przez jednostki samorządu terytorialnego (dalej: „JST”). W pewnym zakresie zagadnienie to zostało uregulowane wyrokiem Trybunał Sprawiedliwości UE (dalej: „TSUE”) w sprawie o sygn. C-276/14 (Gmina Wrocław przeciwko Ministrowi Finansów). Wyrok ten jednoznacznie stwierdził, że gminna jednostka budżetowa nie może być uznana za podatnika VAT, ponieważ nie spełnia kryterium samodzielności. Podtrzymany został tym samym pogląd wyrażony w uchwale NSA z dnia 24 czerwca 2013 r. o sygn. I FPS 1/13. Uchwała ta w odniesieniu do samorządowych zakładów budżetowych stwierdzała jednak, przeciwnie niż w stosunku do jednostek budżetowych, że stanowią one samodzielne podmioty dla potrzeb podatku VAT (odrębny podatnik).

W konsekwencji, przyjmując założenia ww. uchwały, należy stwierdzić, iż §3 ust. 1 pkt 3 oraz §3 ust. 4 Rozporządzenia, a także §3 ust. 5 w zakresie dotyczącym samorządowego zakładu budżetowego - powinny zostać unormowane w oddzielnym paragrafie. Działanie takie będzie metodologicznie spójne i uwzględniona zostanie odrębność samorządowego zakładu budżetowego jako odrębnego od JST podatnika VAT. 

2. Przekroczenie zakresu transpozycji określonego w Dyrektywie w zakresie ustalania prewspółczynnika odrębnie dla poszczególnych jednostek

W § 3 ust. 1 Projektu Rozporządzenia wprowadzono zapis zgodnie, z którym:

„W przypadku jednostki samorządu terytorialnego sposób określenia proporcji, o którym mowa w § 1 pkt 1, ustala się odrębnie dla każdej z następujących utworzonych przez nią jednostek organizacyjnych:

1) obsługującego jednostkę samorządu terytorialnego urzędu działającego w formie samorządowej jednostki budżetowej;

2) pozostałych samorządowych jednostek budżetowych;

3) samorządowych zakładów budżetowych”.

Proponowane brzmienie przepisów nie odpowiada zakresowi regulacji określonemu w Dyrektywie 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE L 347 z 11.12.2006, str. 1; dalej: „Dyrektywa”). Podstawą takiej opinii jest wykładnia literalna art. 173 ust. 2 Dyrektywy, który jednoznacznie stwierdza, że „Państwa członkowskie mogą (...) zezwolić podatnikowi na określenie proporcji podlegającej odliczeniu dla każdego sektora jego działalności, pod warunkiem że dla każdego z tych sektorów prowadzona jest odrębna księgowość”. Dokonując analizy powyższego unormowania należy stwierdzić, że wprowadzenie prewspółczynnika jest możliwe jedynie dla każdego sektora działalności danego podatnika, a nie osobno dla poszczególnych jednostek organizacyjnych. W konsekwencji regulacja przedstawiona w projekcie Rozporządzenia, która ma na celu transpozycję unormowań Dyrektywy, powinna zakładać ustalenie tzw. proporcji wstępnej nie w odniesieniu do każdej z jednostek organizacyjnych jednostki samorządu terytorialnego, lecz w odniesieniu do poszczególnych sektorów działalności (tj. w zakresie w jakim jest to wskazane w Dyrektywie). Przykładowo na terenie konkretnej jednostki samorządu terytorialnego może znajdować się kilkanaście jednostek organizacyjnych zajmujących się oświatą. Ustalanie proporcji wstępnej w odniesieniu do każdego przedszkola, szkoły podstawowej, gimnazjum, czy liceum, które działają w formie jednostki budżetowej byłoby niezgodne z regulacjami Dyrektywy, jak również stanowiłoby znaczące obciążenie administracyjne dla poszczególnych podatników.

3. Brak unormowania pozwalającego na ograniczenie stosowania Rozporządzenia do wybranych jednostek organizacyjnych/ sektorów działalności

Sformułowania zawarte w projekcie Rozporządzenia w § 3 ust. 1 nakazują stosowanie prewspółczynnika w odniesieniu do wszystkich jednostek organizacyjnych danej JST (vide: § 3 ust. 1 nakazujący ustalanie proporcji „dla każdej z następujących utworzonych przez nią [JST] jednostek organizacyjnych”). Projekt Rozporządzenia, pomimo fakultatywności w jego stosowaniu, w żadnym stopniu nie daje możliwości zaniechania wyliczeń prewspółczynnika do wybranych jednostek organizacyjnych. Wprowadzenie takich zapisów byłoby zasadne w szczególności w przypadku, gdyby wdrożenie odliczeń VAT na zasadzie prewspółczynnika w konkretnych jednostkach okazało się niewspółmierne do poniesionych kosztów finansowych i obciążeń administracyjnych. Dlatego też powinien zostać wprowadzony zapis expressis verbis umożliwiający odstąpienie od dokonywania wyliczeń prewspółczynnika w wybranych przez daną JST jednostkach organizacyjnych/sektorach działalności.

źródło: www.konfederacjalewiatan.pl