Zmiana dotycząca CIT ma przeciwdziałać rozbieżnościom w kwalifikacji struktur hybrydowych, które są wykorzystywane przez międzynarodowe korporacje do stosowania agresywnej optymalizacji podatkowej. Przepisy ATAD 2 obejmują różnice w relacjach pomiędzy systemami opodatkowania przedsiębiorstw w państwach członkowskich i nakazują wprowadzenie uregulowań, które spowodują odmowę zaliczenia płatności do kosztów uzyskania przychodów lub nakażą zaliczenie kwoty do przychodu.

Natomiast zmiany dotyczące Ordynacji podatkowej, w związku ze zmianami w ustawie o wymianie informacji podatkowych z innymi państwami i nałożeniem na organy podatkowe  obowiązku automatycznego przekazywania informacji o transgranicznych schematach podatkowych, przewidują również zmianę w zakresie retrospektywnego przekazywania informacji o schematach podatkowych transgranicznych, która dotyczy obowiązków wspomagającego, a także uszczegółowiają przesłanki obowiązku przekazywania do Szefa Krajowej Administracji Skarbowej informacji o schemacie podatkowym transgranicznym, który spełnia przesłankę szczególnej cechy rozpoznawczej.

Ponadto projekt przewiduje wprowadzenie zmian w przepisach związanych z nadawaniem numeru schematu podatkowego (NSP), w tym doprecyzowanie przepisów dotyczących pełnomocnictw szczególnych na gruncie przepisów o schematach podatkowych.

W zakresie VAT poprawiony projekt reguluje kwestie transakcji WDT/WNT, które, w związku z regulacjami unijnymi, powinny wejść w życie od 1 stycznia 2020 r. Zmiany dotyczą:

• magazynów typu call-off stock (obecnie: magazynów konsygnacyjnych) w handlu transgranicznym,
• transakcji łańcuchowych, w szczególności określenia podmiotu, który będzie dokonywał nabycia wewnątrzwspólnotowego,
• dostaw wewnątrzwspólnotowych w zakresie przesłanek materialnych uprawniających do zastosowania stawki 0%, w tym posiadania NIP UE nabywcy, złożenia prawidłowej informacji podsumowującej (VAT-UE), posiadania odpowiednich dokumentów potwierdzających WDT.

Przygotowany 24 stycznia 2020 r. projekt przede wszystkim zmienia obowiązki dokumentacyjne realizowane przez podmiot prowadzący magazyn call-off stock oraz jednoznacznie wskazuje podmiot, który może taki magazyn prowadzić, co rozwiewa, niestety nie w całości, problemy interpretacyjne dotyczące stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej przez podmiot tworzący magazyn call-off stock w innym państwie członkowskim.

Wskazane przepisy mają wejść w życie z dniem 1 kwietna 2020 r. Kwestie intertemporalne pomaga rozwiązać Komunikat  Ministerstwa Finansów z dnia 23 grudnia 2019 r. „w sprawie implementacji dyrektywy 2018/1910, tzw. pakiet Quick Fixes”.