Istnieją dwie podstawowe przyczyny dla których sprzedawca wystawia duplikat faktury. Pierwszą jest nieotrzymanie oryginału faktury przez nabywcę, drugą to zaginięcie oryginału faktury już po jej otrzymaniu przez nabywcę. Czy nabywca ma prawo do pomniejszenia podatku należnego o podatek naliczony wynikających z duplikatów faktur, a jeśli tak, to w jakim okresie rozliczeniowym może dokonać takiego odliczenia.

Jeżeli podatnik-nabywca nie otrzymał faktury od sprzedawcy, to termin odliczenia podatku naliczonego określa art. 86 ust. 10 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług, w myśl którego prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę albo dokument celny. Zastosowanie w takiej sytuacji znajdzie również art. 86 ust. 11 ww. ustawy, zgodnie z którym jeżeli podatnik nie dokona obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych w ust. 10, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych. Zasada wynikająca z art. 86 ust. 10 pkt 1 ww. ustawy nie będzie miała zastosowania w stosunku do towarów i usług, o których mowa w art. 19 ust. 13 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług (media). W świetle art. 86 ust. 10 pkt 3 ww. ustawy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego w przypadku nabycia mediów powstaje w rozliczeniu za okres, w którym przypada termin płatności. Będzie to oznaczało, że podatnik otrzymując duplikat faktury za media nie może jej ująć w okresie rozliczeniowym, w którym ten duplikat otrzymuje, lecz w okresie rozliczeniowym, w którym przypada termin płatności wynikający z duplikatu faktury lub, w myśl art. 86 ust. 11 ustawy o VAT, za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych. W niektórych przypadkach będzie to oznaczało konieczność korekty deklaracji podatkowej za okresy rozliczeniowe, w których podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktury za media przysługiwało.

W sytuacji natomiast, w której nabywca utracił fakturę, którą pierwotnie otrzymał, termin odliczenia podatku, został wskazany w art. 86 ust. 10 pkt 1 ustawy o VAT, z uwzględnieniem art. 86 ust. 11. Będzie to oznaczało konieczność ujęcia faktury nie w okresie rozliczeniowym otrzymania duplikatu faktury, lecz w okresie rozliczeniowym, w którym podatnik pierwotnie otrzymał oryginał faktury, która później zaginęła.

Natomiast w odniesieniu do otrzymanych, a następnie utraconych faktur za media, za które wystawiono duplikaty faktur sposób postępowania podatnika, a więc i terminu odliczania podatku, jest analogiczny jak w przypadku oryginałów faktur za media, których nabywca nigdy nie otrzymał. Terminem odliczenia podatku z duplikatów faktur za media jest więc okres rozliczeniowy, w którym przypada termin płatności wynikający z duplikatu faktury lub, w myśl art. 86 ust. 11 ustawy o VAT, jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych.