Kwestią tą zajmowały się już polskie sądy administracyjne. Naczelny Sąd Administracyjny w dniu 24 czerwca 2013 r. wydał uchwałę sygn. akt I FPS 1/13, której kanwą również była sprawa Gminy Wrocław, iż w świetle art. 15 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.) gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami podatku od towarów i usług.

W wyniku tej uchwały Ministerstwo Finansów wydało nawet komunikat z dnia 9 lipca 2013 r., że „nie będą kwestionowane dotychczasowe rozliczenia gminnych jednostek budżetowych jako podatników VAT, natomiast kwestia dalszego rozliczania podatku od towarów i usług w związku z wykonywanymi przez nie czynnościami zostanie przedstawiona w koncepcji odnoszącej się do tej uchwały”.

Jednakże w kilka miesięcy później Ministerstwa Finansów wydało kolejny komunikat z dnia 12 grudnia 2013 r. w sprawie statusu prawnopodatkowego samorządowych jednostek budżetowych. Ministerstwo stwierdziło, że w związku ze skierowaniem przez Naczelny Sąd Administracyjny (tego samego składu, który wystąpiło o wydanie ww. uchwały, w następstwie której nie zgodził się z nią i wystąpił do TSUE) pytania prejudycjalnego do Trybunału Sprawiedliwości Unii  Europejskiej, do momentu wydania orzeczenia przez Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej pozostaje aktualne dotychczasowe stanowisko Ministra Finansów, wyrażone w wydawanych interpretacjach indywidualnych, uznające samorządowe jednostki budżetowe za odrębnych podatników podatku od towarów i usług.

W wydanym wyroku TSUE orzekł, że artykuł 9 ust. 1 dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że podmioty prawa publicznego, takie jak gminne jednostki budżetowe będące przedmiotem postępowania głównego, nie mogą być uznane za podatników podatku od wartości dodanej, ponieważ nie spełniają kryterium samodzielności przewidzianego w tym przepisie. Ponadto TSUE ustosunkowując się do wniosku Ministerstwa Finansów stwierdził, że przedmiotowy wyrok nie może być podstawą do ograniczenia jego skutków w czasie.

W konsekwencji wyroku TSUE C-276/14 Ministerstwo Finansów 29 września 2015 r. wydało następny komunikat (http://www.izbapodatkowa.pl/wazny-komunikat-ministerstwa-finansow-dla-jednostek-samorzadu-terytorialnego-w-zwiazku-z-wyrokiem-tsue-c-27614,4,1800), z którego wynika, że:

1. samorządowe jednostki budżetowe nie posiadają odrębności podatkowej na gruncie przepisów o VAT, zatem wszelkie czynności przez nie dokonywane powinny być rozliczane przez jednostkę samorządu terytorialnego, która je utworzyła;
2. dla zapewnienia samorządom czasu na przygotowanie się do nowego modelu rozliczeń, do połowy 2016 r. nie będą kwestionowane rozliczenia dokonywane z zastosowaniem obecnego modelu rozliczeń;
3. samorządy mogą podjąć decyzję o dokonaniu korekt rozliczeń (uwzględniając model „scentralizowany”) nieobjętych przedawnieniem, przy czym – celem zachowania zasady neutralności – korekty muszą zostać sporządzone w odniesieniu do całego poprzedniego 5 letniego okresu nieobjętego przedawnieniem;
4. wypracowana przez Ministerstwo Finansów koncepcja będzie podstawą do podjęcia prac legislacyjnych w celu uzyskania „scentralizowania” jednostek samorządu terytorialnego oraz ich jednostek budżetowych, co powinno nastąpić najpóźniej w listopadzie 2015 r.

Jakie skutki pociąga za sobą wyrok TSUE?

Konsekwencje wyroku ograniczone są jedynie do samorządowych jednostek budżetowych nie dotykając państwowych jednostek budżetowych. Jak wynika z ostatniego komunikatu Ministerstwa Finansów połączenie jednostek będzie musiało nastąpić do połowy 2016 r., tak aby od 1 lipca 2016 r. jednostki budżetowe rozliczały się w zakresie VAT łącznie z jednostką macierzystą. Pociągnie to za sobą konieczność prowadzenia jednolitej ewidencji dla celów VAT w jednostce samorządowej i składania jednolitej scentralizowanej deklaracji VAT. Kolejną kwestią będzie jednolite fakturowanie z oznaczeniem jednostki samorządowej jako nabywcą/sprzedawcą, a jednostka budżetowa może być jedynie dodatkowym elementem w nazwie nabywcy/sprzedawcy. Nie będzie problemów z jednolitą numeracją faktur, bowiem zgodnie z art. 106e ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT faktura powinna zawierać kolejny numer nadany w ramach jednej lub więcej serii, który w sposób jednoznaczny identyfikuje fakturę. Każda jednostka budżetowa może mieć odrębną numerację faktur.

Wszelkie czynności dokonywane pomiędzy jednostką budżetową a jednostką samorządową będą uważane za czynności wewnętrzne niepodlegające opodatkowaniu VAT. Jedynie czynności „na zewnątrz” będą skutkowały konsekwencjami podatkowymi. Z jednej strony ułatwi to odliczanie podatku, z drugiej utrudni obliczanie na koniec roku tzw. proporcji związanej z czynnościami opodatkowanymi i zwolnionymi.

Interesujące, że Ministerstwo Finansów odraczając w czasie połączenie jednostek powoduje, że owo późniejsze scalenie może istotnie wpływać na odliczenia podatku dokonywane na podstawie tzw. „prewspółczynnika”, dla obliczania którego przyjmuje się dane z roku podatkowego poprzedzającego rok, za który się ten „prewspółczynnik” oblicza.

Końcowo można wskazać, że całkowicie wbrew orzeczeniu TSUE idą propozycje Ministerstwa Finansów wskazane w projekcie z dnia 23 września 2015 r. rozporządzenia w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników, gdzie zakłada się, że jednostki budżetowe mają „prewspółczynnik” obliczać niezależnie od jednostki macierzystej, naturalnie pogarszając strukturę w jednostce samorządowej.

Powyższe uwagi są jedynie wstępnym wskazaniem obszarów problemów związanych z łącznym rozliczaniem w zakresie podatku VAT jednostek samorządu terytorialnego oraz ich samorządowych jednostek budżetowych.

Wojciech Zajączkowski